Ao longo de uma década de existência, a UEA tem atuado ativamente no ensino superior de graduação e pós-graduação, tanto na capital como no interior do estado. Os cursos de graduação são ofertados em uma das seguintes modalidades: presencial e presencial mediado por tecnologia.

Há cursos de graduação de oferta regular e cursos de graduação de oferta especial.

Os cursos de graduação de oferta regular são aqueles que todo ano oferecem vagas nos sistemas de ingresso da UEA. Eles se destinam a formação de profissionais para as áreas tradicionais do saber, tais como engenharia, medicina, direito, as licenciaturas, dentre outros. Os cursos graduação de oferta Especial decorrem da necessidade de prover uma capacitação especifica e necessária para alicerçar o desenvolvimento econômico de um município em particular ou de um conjunto deles. Neste caso, disponibiliza-se o número de turmas necessário ao atendimento da demanda de capacitação.

O ingresso aos cursos de graduação são sempre através de concursos (vestibular, SIS e SAES).

Os cursos de pós-graduação oferecidos compreendem os cursos de especialização lato sensu e os cursos stricto sensu nas modalidades de Mestrado e Doutorado.

Desde 2006 a UEA vem atendendo a demanda por formação que outrora ela atendida pela Escola de Governo – ESPEA. Dentre os cursos ofertados citam-se: Gestão Pública, Gestão de Talentos, Planejamento Governamental e Orçamento Público, Saúde do Trabalhador, Gerontologia, Direito Eleitoral.

O ingresso aos cursos de pós-graduação é sempre através de edital público de processo seletivo.

Os cursos de pós-graduação ofertados pela UEA e recomendados pela CAPES são:

• Biotecnologia e Recursos Naturais da Amazônia (mestrado)
• Direito Ambiental (mestrado acadêmico)
• Educação em Ciências na Amazônia (mestrado acadêmico)
• Ensino de Ciências na Amazônia (mestrado profissional)
• Letras e Artes (mestrado profissional)
• Medicina Tropical (mestrado e doutorado)
• Segurança Pública, Cidadania e Direitos Humanos (mestrado)