A política de cotas da UEA segue as determinações dispostas na Lei 2.894/2004. Sucintamente, as regras são as que seguem abaixo especificadas:

Para cursos oferecidos na capital, exceto os cursos da área de saúde:

1. 80% das vagas são para candidatos que tenham cursado as três séries do Ensino Médio em escolas públicas ou privadas do Estado do Amazonas.
   1. 60% destas vagas são destinadas a estudantes de escolas públicas, que não tenham curso superior e não estejam cursando em Universidade Pública;
   2. Se o candidato tiver cursado exame supletivo, ele deverá apresentar comprovação de que estudou pelo menos 3 anos no Amazonas.
2. 20% das vagas são para candidatos que tenham concluído o Ensino Médio em qualquer unidade da federação ou do exterior.

Para os cursos de saúde oferecidos na capital (Medicina, Odontologia e Enfermagem):

1. Metade das vagas oferecidas para os cursos de saúde segue as regras dispostas acima, para os cursos da capital;
2. A outra metade das vagas é destinada a alunos que tenham estudado 8 séries do Ensino Básico no interior do Estado do Amazonas.
   1. Se o candidato tiver cursado exame supletivo, ele deverá apresentar comprovação de que estudou pelo menos 3 anos em município do pólo onde se deu a disputa de vagas.

Para a população indígena:

1. É oferecido um percentual de vagas no mínimo igual ao percentual da população indígena na composição da população amazonense.